Le PPM met en œuvre des outils bioinformatiques et biostatistiques dédiés aux analyses et à la gestion des quantités massives de protéomique. Ces prestations sont adaptées à chaque projet dans le but de fournir des indicateurs pertinents d'aide à la décision.

● Retraitement des données (contrôle qualité, identification des biais, normalisation, identification, quantification, validation).

● Analyse statistique des données (filtres, normalisation, groupes, imputation des données manquantes, t-test, ACP, etc.).

● Conception et développement de chaînes de retraitement des données.

● Gestion des données (soumission dans des entrepôts publics, etc.)

> Analyse de protéomique "bottom-up" : identification des peptides/protéines, quantification et analyse statistique des résultats
> Analyse fonctionnelle des réseaux biologiques : projection des protéines/biomarqueurs d’intérêt dans des réseaux biologiques
> Création de bases de données interfacées sécurisées (données cliniques, protéomiques) : conception, développement et gestion de la base de données.

> Existence de banques de séquences publiques et/ou privées pour l'identification des protéines.
> Plan d'expériences avec à minima 3 réplicats pour l'analyse statistique.

> Logiciels dédiés à la gestion, la validation et l'interprétation des données de spectrométrie de masse (MaxQuant, Proteome Discoverer, Skyline, etc.).
> Logiciels en biostatistiques (Perseus, R, etc.)
> Logiciels d'analyse de réseaux (Cytoscape, Gene Ontology, etc.).
> Serveurs de calcul et de stockage.