• Description / Workflow

    Le PPM met en œuvre des outils bioinformatiques et biostatistiques dédiés aux analyses et à la gestion des quantités massives de protéomique. Ces prestations sont adaptées à chaque projet dans le but de fournir des indicateurs pertinents d'aide à la décision.

    ● Retraitement des données (contrôle qualité, identification des biais, normalisation, identification, quantification, validation).

    ● Analyse statistique des données (filtres, normalisation, groupes, imputation des données manquantes, t-test, ACP, etc.).

    ● Conception et développement de chaînes de retraitement des données.

    ● Gestion des données (soumission dans des entrepôts publics, etc.)

  • Applications

    > Analyse de protéomique "bottom-up" : identification des peptides/protéines, quantification et analyse statistique des résultats
    > Analyse fonctionnelle des réseaux biologiques : projection des protéines/biomarqueurs d’intérêt dans des réseaux biologiques
    > Création de bases de données interfacées sécurisées (données cliniques, protéomiques) : conception, développement et gestion de la base de données.

  • Pré-requis / Contraintes

    > Existence de banques de séquences publiques et/ou privées pour l'identification des protéines.
    > Plan d'expériences avec à minima 3 réplicats pour l'analyse statistique.

  • Technologies

    > Logiciels dédiés à la gestion, la validation et l'interprétation des données de spectrométrie de masse (MaxQuant, Proteome Discoverer, Skyline, etc.).
    > Logiciels en biostatistiques (Perseus, R, etc.)
    > Logiciels d'analyse de réseaux (Cytoscape, Gene Ontology, The Ontologizer, Panther, etc.).
    > Serveurs de calcul et de stockage.

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