Identification des protéines par spectrométrie de masse à haute résolution dans des extraits biologiques totaux ou fractionnés. L’analyse LC-MS permet de mesurer très précisément la masse des peptides issus de la digestion enzymatique (MS) et de les fragmenter pour obtenir des informations de séquences (MSMS). L’ensemble des données acquises est ensuite confronté à une ou plusieurs banques de séquences par l’intermédiaire de moteurs de recherche.

> Identification à grande échelle des protéines
> Identification en mélanges complexes
> Couverture de séquences
> Recherche des interactants d'une protéine cible

> Existence d'une banque de séquences
> Purification(s) préalable(s) aux analyses (à la charge de l’équipe demandant l’analyse : co-immuno-précipitation, GST pull-down, précipitation à partir de peptides ou d’oligo-nucléotides fixés sur un support solide etc.
> Présence de condition(s) contrôle(s)
> Contrôle du niveau d’enrichissement de la protéine appât

> PMF
> LCMSMS
> Bottom-up
> Top-down