Quantification basée sur 

> des approches sans marquage (Label-free) : les échantillons sont analysés indépendamment par LC-MS. Cette approche nécessite de nombreux réplicats et repose sur la stabilité et reproductibilité du système nanoLC-MS,

> des marquages isotopiques : on introduit un marqueur de masse contenant des isotopes lourds, au niveau des peptides par marquages isobariques (TMT/iTRAQ) ou métaboliques au niveau des protéines (SILAC). Les échantillons peuvent être rassemblés et analysés simultanément.

> Recherche fondamentale et/ou clinique
> Etude des variations d'un protéome

> Choix du design expérimental (label-free, SILAC, TMT,…) guidé par le type d’échantillons (cultures cellulaires, tissus…), leur complexité et la quantité de matériel à disposition.
> Nombre d’expérience suffisant pour un pré-traitement statistique.
> Spectromètre de masse à haute résolution.

> Label-free
> Marquage chimique (TMT/iTRAQ)
> Marquage métabolique (SILAC)