Le Pôle Protéome de Montpellier participe au projet Support And Promote Health InfrastructuRes (SAPHIR, 2021-2022), porté par l’UAR BioCampus et financé par la région Occitanie avec les fonds européens dans le cadre du plan de relance REACT-EU.

Les financements obtenus (835 814 €) ont permis le recrutement de deux agents CDD en biochimie protéomique et l’achat d’un système LCMSMS complet (Thermo Fisher Scientific) pour effectuer des analyses multiplexées de protéomique quantitative.

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Les équipements sont installés depuis le 01 octobre 2021 dans un module dédié de spectrométrie de masse du plateau FPP localisé au sein de l’Institut de Génomique Fonctionnelle (campus Arnaud de Villeneuve) :

  • Système chromatographique nano débit - Ultra Haute Performance (RSLC U3000),
  • Spectromètre de masse haute résolution (Exploris 480),
  • Interface de mobilité ionique (FAIMS ProTM).
Exploris480
  • Des technologies innovantes...

    L’Exploris 480 dispose de la dernière génération d’Orbitrap, combinant haute résolution, rapidité d’acquisition, très grande stabilité et assurant une précision de mesure de 1 à 3 ppm pendant plusieurs jours d’acquisition sans recalibration. La possibilité d’y associer une nouvelle interface de mobilité ionique à champ asymétrique (FAIMS) permet également une diminution importante des interférences, une meilleure sélectivité et un gain de sensibilité.

    Ces caractéristiques font de cet instrument un outil technologique particulièrement adapté non seulement pour la cartographie du protéome entier à l’échelle cellulaire ou tissulaire avec une grande profondeur d’analyse, mais également pour la quantification à large échelle de protéines par des approches sans marquage ou utilisant des marqueurs isobariques de type Tandem Mass Tag (technologie TMT). Les dernières versions de cette technologie permettent un multiplexage jusqu’à 18 échantillons traités indépendamment. La précision des données quantitatives obtenues en TMT est augmentée en utilisant l’interface FAIMS .

  • ...et un savoir faire pour mener à bien de nouveaux projets

    Les compétences et l’expertise du personnel de la plateforme ont permis une prise en main rapide pour la maintenance et l'exploitation du système. Ces équipements de dernière génération sont d’ores et déjà accessibles à la communauté scientifique des secteurs publics et privés. De plus, Madame El Koulali (Assistante Ingénieure) et Madame Ishimwe (Technicienne), recrutées en CDD sur ce projet, prennent en charge la préparation biochimique d’échantillons ainsi qu’une partie des développements nécessaires à la mise en place de protocoles de multiplexage avec marquage chimique de type TMT, notamment associés à de faible quantité de matériel.

Mesdames El Koulali et Ishimwe recrutées en CDD sur ce projet

Sur le site FPP, l’Orbitrap Exploris 480 a remplacé une génération plus ancienne d’Orbitrap (Qexactive Plus) implantée sur la plateforme il y a plus de 5 ans et transférée sur la plateforme métabolomique MAMMA pour des études de métabolomique et fluxomique non ciblées.

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