Le spectromètre de masse Q-TOF SynaptG2-Si HDMS (Waters) modifié pour les grandes masses, et couplé à la mobilité ionique ainsi qu’à l’échange hydrogène/deutérium permet d’étudier les interactions protéines-protéines et ligands-protéines ainsi que leur dynamique structurale dans des conditions natives.

Mis en service en 2020.

> Analyse de complexes protéiques par spectrométrie de masse native (composition, stoechiométrie, interactions).
> Identification des sites d'interactions et modifications conformationnelles par échange Hydrogène/Deutérium.

La région Occitanie (Programme Opérationnel FEDER-FSE-IEJ Languedoc-Roussillon 2014-2020), l'iSITE Montpellier University of Excellence (MUSE), le LABEX EpigenMed ont apporté un soutien financier de plus d’un million d’euros à cette opération menée conjointement par l’IGF (équipe de Sébastien Granier), l’UMS BioCampus Montpellier, la plateforme FPP et une société privée (ABIVAX).

Cette nano chromatographie liquide permet une injection directe (sans pré-colonne) des échantillons à analyser et elle est entièrement biocompatible. Ce système assure un minimum de perte dans les échantillons très peu concentrés.

Cet équipement peut être couplé aux spectromètres de masse à haute résolution :
- Q Exactive HF (Thermo Fisher Scientific)
- Q Exactive HF-X (Thermo Fisher Scientific)

Mis en service en 2015.

> Particulièrement adapté à l’étude des peptides portant des modifications post‐traductionnelles peu répandues comme les phosphopeptides.

Cet équipement a été obtenu dans le cadre du Plan Cancer 3, ITMO Cancer AVIESAN (demande d'équipement mi-lourd 2015 portée par l'IGF) et d'un projet structurant avec le CRBM.

Deux chaînes de chromatographie sont disponibles, chacune étant couplée à un spectromètre de masse à haute résolution :
- Exploris 480 (Thermo Fisher Scientific),
- Q Exactive HF (Thermo Fisher Scientific),
- Q Exactive HF-X (Thermo Fisher Scientific).

> Séparation des peptides.

Le Q Exactive™ HF-X est un spectromètre de masse de paillasse à géométrie hybride haute résolution. Il comprend un quadripôle linéaire permettant la sélection très précise du (des) précurseur(s), une cellule de collision HCD (Higher Energy Colisional Dissocation) pour la fragmentation à haute énergie ainsi qu'un quadripôle trappe orbitale à transformée de Fourier (technologie Orbitrap) dédié à la détection à haute résolution des peptides et/ou de leurs fragments.

Grâce à la grande flexibilité des modes de balayage disponibles, ce spectromètre de masse permet de mettre en œuvre aussi bien des expériences d'identification en mode data dépendant que des analyses ciblées (aussi bien en MS qu'en MS2).

Le Q Exactive™ HF-X est couplé à un système chromatographique de type nano-Ultra Haute Performance NanoLC RSLC U3000 (Thermo Fisher Scientific), spécifiquement conçu pour les applications à nano échelle.

Mis en service en septembre 2018.

> Identification de protéines issues de mélanges simples ou complexes (Bottom-up).
> Quantification relative de protéines peu abondantes dans des mélanges complexes (Label-free, SILAC, TMT).
> Quantification ciblée (PRM).

Le Q Exactive™ HFX a été été financé (500 k€) dans le cadre de l’Initiative Biomarqueurs et Diagnostic en Languedoc Roussillon (IBDLR), projet porté par le Pôle BioSanté - François Rabelais et sélectionné dans le Contrat de Plan État-Région (CPER) 2015-2020.

Le système chromatographique de type nano-Ultra Haute Performance, associé à ce spectromètre de masse, a été obtenu grâce au soutien de l’UAR BioCampus Montpellier (demandes petits équipements plateforme 2017, 22.5 k€) et à des fonds propres de la FPP (25 k€).